MES系统过程管理是指监控生产过程和自动修正生产中的错误并提高加工活动的效率和质量，或者向用户提供纠正错误并提高在线行为的决策支持。过程管理是一个内部操作，它的焦点集中在被监控或被控制的机器上，它们通过跟踪连续的操作来跟踪整个生产处理过程。生产过程控制应包括报警管理以保证企业员工意识到加工过程的变化。生产过程管理的数据交换是在智能设备和制造执行系统之间的一个接口中进行的。
生产制造的过程控制与调度管理牵扯到生产进度的动态更新、生产计划实施调度、生产数据的实时采集和车间异常的实时反馈。而生产过程管理控制指引制造过程，对产品各工序的生产、检验、维修以及交付过程进行控制和指引，在提高操作效率的同时减少作业操作错误的出现，以效益为目标，强化生产过程的事前、事中管理。实时监控生产，实现对生产过程的精细化管理和控制。
长沙MES系统厂商对生产过程的控制管理，围绕着工单单板、部品条码打印，SMT备料上料、制造过程采集与控制、在线维修、产品报废、产品隔离、工单管控、作业指导书查阅和过程相关看板的管理。
企业接到生产任务工单以后，会由计划员进行排产发布，安排在什么时间、什么工序、哪条产品线、何时完成交货等。小批量、品种单一的工单，人工还能应付，但是面对企业大批量，品种复杂多样的情况下，人工肯定无法满足需求，这时候，就要考虑上系统了。因此，企业不是随便的上系统，而是要有一定的规模，不然会得不偿失。
在分配好生产任务后，MES指导物料员、库房管理员及时的进行拣料、备料和上料。同时，指导生管对生产人员、设备调试、产品条码工单的打印，确保生产开工前的准备工作，通过生产工单及文档管理系统中的作业指导书，生产人员就具备了生产的条件，可以撸起袖子加油干了。
生产过程中，长沙MES系统能够对之前开工准备的条码和工单，进行生产制造过程信息的采集，之后，采集到的数据将与工单、工艺路径及参数、物料、质量等信息进行相互验证，起到物料防错、工序防错防漏、工艺防错的作用，同时也将采集到的生产及质量信息实时反馈到系统的各看板、SPC和统计报表中，使得管理者在第一时间掌握车间的物料、生产进度、质量情况，为管理者的决策提供数据支持。